Phylogenetic estimation of diversity-dependent biogeographic rates using deep learning
本文提出了一种名为 DDGeoSSE 的全生成式事件模型，结合深度学习技术克服了多样性依赖生物地理速率推断中似然函数不可计算的难题，并通过加勒比安乐蜥和云林荚蒾的研究证实了局部物种丰富度对物种多样化动态具有显著影响。
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466 篇论文
Evolutionary trajectories of teleost olfactory signaling genes shaped by long-term redundancy after whole-genome duplication
该研究通过多组学分析揭示，硬骨鱼类在约 3 亿年前经历的全基因组复制事件导致嗅觉标记蛋白（omp）等基因长期保持冗余，并在基因剂量平衡的约束下通过非功能化和亚功能化机制，最终塑造了嗅觉信号转导系统的分子多样性。
High-throughput targeted paleoproteomics sex estimation on medieval Great Moravia individuals using MALDI-CASI-FTICR mass spectrometry
该研究利用 MALDI-CASI-FTICR 质谱技术建立了一种高通量靶向古蛋白质组学方法，成功对 130 具中世纪大摩拉维亚个体进行了生物性别鉴定，显著提升了考古性别评估的效率与准确性。
The effect of age and sex on the rate of de novo mutations in barn owls
该研究利用 33 个家燕亲代 - 子代三元组，证实了仓鸮的突变率与具有相似世代时间的雀形目鸟类相当，且父系传递的突变数量是母系的两倍，并首次为鸟类生殖细胞衰老提供了直接证据，表明父系年龄显著影响突变积累。
Negative frequency-dependent selection maintains partner quality variation in a keystone nutritional mutualism
该研究通过为期一年的实验进化发现，在豆科植物 - 根瘤菌共生体系中，负频率依赖选择机制（即高质量菌株在稀有时受青睐而在普遍时受抑制）能够维持共生伙伴质量的遗传变异，从而解释了互利共生关系在环境变化下的长期稳定与韧性。
Summary statistics and approximate bayesian computation are comparable to convolutional neural networks for inferring times to fixation
该研究表明，在单时间点单群体的基因型数据中，基于原始数据的机器学习模型在推断硬选择清除的固定时间方面，并未比传统的汇总统计方法更具优势，暗示此类数据中可能已不存在能更好区分固定时间与选择发生时间的未被发现的信号。
Evolutionary Advantage of Diversity-Generating Retroelements in Switching Environments
该研究通过建立区分快速 VR 多样化与缓慢 TR 演化的双时间尺度框架，从 TR 设计角度解析了多样性生成逆转录元件（DGR）在环境切换条件下相较于标准诱变的适应优势，并阐明了其持续激活的进化条件。
Rethinking human AMY1 copy number evolution in light of demographic history
该研究通过结合广泛的非洲人群数据与系统发育分析，发现人口历史而非农业饮食才是驱动人类唾液淀粉酶基因（AMY1）拷贝数演化的主要因素，从而挑战了长期存在的“农业假说”。
Signatures of innovation and selection in the extremotolerant yeast Kluyveromyces marxianus
该研究通过比较基因组学和表型分析，揭示了极端耐受酵母克鲁维酵母（*Kluyveromyces marxianus*）在数百万年进化过程中，通过膜转运蛋白的适应性变异及脂质代谢调控的优化，从而获得独特耐热性和化学胁迫耐受性的分子机制。
Questioning the Evidence for Host-Symbiont Codiversification in Mycorrhizal Symbioses
该研究通过对 29 个菌根网络的重新分析指出，此前被视为宿主与共生真菌协同进化的证据实际上仅反映了由性状匹配驱动的扩散协同进化信号，而非真正的系统发育一致性，从而否定了菌根共生关系中存在协同进化的观点。
Functional bottlenecks can emerge from non-epistatic underlying traits
该研究通过建立简化的全局上位性模型证明，即使缺乏复杂的残基相互作用网络，蛋白质进化中的功能瓶颈也能从具有异质性突变效应分布的简单加性性状中自然涌现。
Analytical expectations for ancestry junction accumulation in admixed genomes
该研究建立了一个通用的离散模型，推导了混合基因组中祖先连接点数量的解析期望值，并通过模拟和实证数据验证了该模型能准确反映重组率、祖先异质性及有效种群大小对混合人群祖先模式的影响。
Lineage-specific evolution of regulatory landscapes in a polyploid plant and its diploid progenitors
该研究通过整合花生及其二倍体祖先的多组学数据，揭示了多倍化后顺式调控元件在序列保守性与染色质可及性之间的复杂演化轨迹，阐明了新调控区域从头产生及保守区域功能变异对同源基因表达偏倚的驱动作用。
Evidence of Adaptation in Structural Variants among Wild Populations of the purple sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus
该研究利用 140 个紫海胆个体的低覆盖度全基因组测序数据，首次鉴定出 9 个潜在染色体倒位，其中 3 个显示出局部适应信号，揭示了结构变异在维持该物种广泛地理分布下的遗传多样性及适应机制中的关键作用。
Not-so-great tit: early-life environment drives long-term decrease in adult body mass in a wild bird population
这项基于英国威瑟姆森林 47 年数据的研究表明，大山雀成鸟体重的长期下降并非由进化改变引起，而是早期生活环境中种内及种间竞争加剧通过表型可塑性产生的跨代携带效应所致。
An ancient monoaminergic signaling system coordinates contractility in a nerveless sponge
该研究发现，缺乏神经和肌肉的淡水海绵（*Spongilla lacustris*）利用一种古老的单胺类信号系统（包括色胺、苯乙胺和酪胺），通过激活 GPCR 信号通路和 Rho GTPases 来重塑上皮细胞的粘附与肌动球蛋白网络，从而在神经元出现之前便实现了身体收缩与舒张的协调控制。
TriMouNet: An Algorithm for Inferring Level-1 Phylogenetic Networks from Multi-Locus Gene Tree Distributions.
本文提出了 TriMouNet 算法，该方法通过分析多基因座数据集的基因树拓扑与分支长度分布来推断最佳三节点网络（trinets）并评估其统计支持度，进而将其整合为水平-1 系统发育网络，从而在准确基因树条件下以低假阳性率识别网状进化事件，有效克服了传统串联法因模型假设违背而导致的错误推断问题。
The evolution of condition-dependent self-fertilisation
该研究通过种群遗传学模型表明，基于个体状况（如突变负荷）的条件依赖性自交策略（即高状况个体自交、低状况个体异交）在进化上受到选择，能够产生稳定的种群内自交率变异、降低突变负荷，并有助于维持混合交配系统。
Neurotranscriptomic signatures of natural variation in mate preference learning in two subspecies of Heliconius melpomene butterflies
该研究通过比较两种*Heliconius melpomene*亚种（*H. m. malleti*和*H. m. rosina*）在脑及感觉组织中的转录组差异，揭示了自然变异下雄性厌恶配偶学习能力的遗传基础，并指出这种学习差异可能通过神经与感觉处理机制的协同作用驱动生殖隔离与物种形成。
Mothers letting go: postnatal maternal investment shapes sex-specific social development in wild vervet monkeys
这项基于野生绿猴长期数据的研究表明，母猴的年龄和支配等级通过塑造差异化的产后社会投资形式（而非出生时的性别分配或投资总量），显著影响了雄性和雌性后代截然不同的社会发育轨迹与生存结果。